La importància dels Fons de Cooperació resideix en el seu paper de lligam entre els països del sud i els del nord. Aquest lligam es troba representat pels projectes de cooperació que duen a terme les ONG i les entitats a través dels fons.

El Fons Mallorquí canalitza les aportacions dels seus socis finançant projectes de cooperació per al desenvolupament als països del sud. Aquests projectes poden ser presentats tant per ajuntaments o altres institucions com per ONG del nord, siguin o no mallorquines, o dels països del sud. Un 10% dels ingressos del Fons, tal i com manen els estatuts, es reserva per projectes d’emergència, per tal de cobrir les necessitats urgents derivades de catàstrofes naturals, guerres...

L’aprovació dels projectes correspon a l’Assemblea de socis, prèvia avaluació de la Comissió Executiva. Un cop posat en marxa el projecte, el Fons n’efectua el seguiment fins que es considera definitivament executat.