El model de cooperació que impulsa el Fons Mallorquí té com a eix vertebrador la implicació de les administracions locals, les associacions i entitats, els pobles i les comunitats, tant del Nord com del Sud, en tots els àmbits i fases de les accions de cooperació i solidaritat.
Des de 2014 el Fons Mallorquí canalitza les aportacions dels seus socis mitjançant programes de desenvolupament municipalista en un número reduït de països, per facilitar-ne el seguiment i afavorir l'impacte real. Aquests programes han de respectar el model de desenvolupament que els municipis del Sud decideixen de forma consensuada. El Fons Mallorquí treballa tenint en compte els Plans estratègics de desenvolupament municipal a llarg termini, com a compromís de futur i de suport a les administracions locals del Sud per a una gestió transparent, justa i eficient. Els programes municipalistes estan oberts a la participació d’ajuntaments de Mallorca i de països del Sud, ONGD de Mallorca i del Sud, i també altres entitats i col·lectius professionals o tècnics que vulguin aportar la seva experiència i coneixements.
Per altra, el Fons Mallorquí disposa d’una línia de projectes destinada a finançar iniciatives adreçades a països de la riba sud i oriental de la Mediterrània i de l'Àsia central i d'educació per a la justícia social a Mallorca. Es tracta de projectes que s’han identificat a través de les aliances estratègiques amb entitats estatals o europees i que coincideixen amb l’eix d’enfortiment municipalista, així com el suport a accions humanitàries destinades a millorar la situació de les persones que es desplacen per l’àmbit de la Mediterrània a causa dels conflictes que es pateixen al Pròxim Orient i a l’Àfrica subsahariana.
Per acabar, anualment es llença una convocatòria de Cooperació tècnica municpal per a l'intercavni i assessorament per part de tècnic de les administracions locals de Mallorca envers els seus homònims de municipis del Sud.